Paroki Kebon Dalem tidak bisa dilepaskan dari sosok Rm Simon Beekman SJ.  Keinginan Pastor Simon Beekman, SJ sejak awal mula adalah berdiam di tengah-tengah perkampungan orang-orang Tionghoa agar misi lebih dikenal dan dihargai. Dan dia tertarik kepada Kebon Dalem, suatu komplek bangunan indah yang dimiliki oleh Keluarga Tuan Be Ing Tjoe. Pastor Beekman beberapa kali meminta kepada beliau agar diperbolehkan menyewa serambi muka “rumah abu” yang berada dalam komplek tersebut. Pastor Simon Beekman, SJ berpikir bahwa karya sosial di antara mereka yang miskin inilah yang perlu segera digarap terutama adanya sekolah-sekolah.

Maka dimulailah sekolah untuk anak laki-laki yang dipilih dari anak-anak keluarga baik-baik. Pada tahun 1931 dibuka kursus dagang gratis untuk anak laki-laki dan kursus kerajinan tangan untuk anak perempuan yang tidak mampu. Dalam karya ini, pantaslah disebut peran suster-suster Fransiskan dari Gedangan (Suster-suster St. Fransiskus).

Kemudian pada tahun 1932 didirikan Sekolah Taman Kanak-Kanak untuk anak laki-laki dan perempuan dengan nama “St. Mary’s Hall” yang kemudian kita kenal dengan sekolah Kebon Dalem. Kemudian pada tahun 1933, menyusul dibuka sebuah Rumah Yatim Piatu. Dalam perkembangannya, Rumah Yatim Piatu ini tidak lagi berada di Kebon Dalem. Pada masa pendudukan Jepang, penghuni laki-laki dipindahkan ke Ambarawa dan diasuh oleh bruder FIC. Pada tahun 1968, rumah yatim piatu yang di Kebon Dalem ini dipindahkan ke Temanggung.

Jumlah permandian terus meningkat hampir 100 orang setiap tahun. Hal ini membutuhkan tempat yang cukup luas dan layak untuk gedung gereja, sekolah-sekolah, rumah piatu, serta susteran. Berkat dukungan doa dari berbagai pihak, Romo Simon Beekman SJ berhasil membeli kompleks rumah abu dan rumah dansa.

Selanjutnya pada tanggal 16 Desember 1937, setelah direnovasi dan dilengkapi dengan perlengkapan ibadat, bekas rumah abu itu diberkati dan beralih fungsi menjadi Gereja St. Fransiskus Xaverius Kebon Dalem. Pemberkatan dilakukan oleh Mgr Petrus Johannes Willekens. Berhubung Rm Beekman sedang cuti, Mgr Willekens didampingi oleh Rm. L. Zwaans SJ.

Pada tanggal 22 Januari 1938, sekelompok suster dari Konggregasi Penyelenggaraan Ilahi yang terdiri dari delapan orang untuk pertama kalinya datang ke Semarang.

Dalam catatan, tanggal 2 Oktober 1938 adalah penerimaan Sakramen Perkawinan pertama kali di gereja Kebondalam. Sementara loceng gereja mulai digunakan pada tanggal 2 Oktober 1938. Pada tahun 1951, terbitlah majalah kebaktian kepada Hati Kudus Yesus: Utusan Katolik.

Misi Katolik terus berjalan hingga pada 25 Maret 1952, tibalah di Semarang, dua orang misionaris Tionghoa yaitu Pastor J Thing Shu Yen dan Pastor Rochus Chang Peng Tu. Sekolah yang sudah dimulai pada tanggal 1 Mei 1951, kemudian diserahkan kepada mereka untuk dikembangkan. Pastor J Thing Shu Yen meninggalkan Indonesia pada tahun 1956 karena alasan kesehatan. Rm Chang menginisiasi berdirinya sekolah Yu Te yang kelak akan menjadi sekolah Theresiana.

Dengan semakin berkembangnya karya kerasulan di Kebon Dalem, maka pada tanggal 1 Januari 1956 menjadi paroki sendiri dan melepaskan diri dari Paroki Gedangan. Rm Beekman menjadi Pastor Parokinya.

Pada 15 juli 1959, Rm Beekman digantikan oleh Rm Fransiskus Xaverius Khoe Swie Ging SJ atau dikenal Rm Gunawan SJ. Pada masa inilah dibangun gedung Saverius. Gedung paroki ini digunakan untuk aneka pertemuan dan kegiatan olahraga. Yayasan Sosial Miryam yang membawahi Balai Pengobatan Umum/Balai Kesehatan Ibu dan Anak Pancasila II diresmikan 4 Agustus 1963. Radio Veritas diresmikan 1 Oktober 1967. Majalah Utusan Katolik berubah wajah menjadi Majalah Utusan dan menjadi majalah kerohanian awam.

1 Juli 1968, Rm FX Gunawan digantikan oleh Rm Fransiskus Xaverius Oei Gien Hauw Pr. Rm yang biasa disebut Rm Haryono ini merupakan putra paroki. Pada tahun ini pula, Rm Haryono dibantu oleh Rm Fransiskus Xaverius Tandean SJ hingga tahun 1969. Beliau kemudian digantikan oleh Rm Johannes Rasul Dibyadarmadja Pr yang berkarya di Kebondalem sampai tahun 1974. Pada 22 Juli 1968, Yayasan Miryam menambah unit usaha, yaitu Apotik Kebon Dalem. Sementara Seksi kematian berdiri sendiri dengan nama Dana Kematian Santa Maria pada tahun 1972. 11 April 1977, bernaung dibawah Yayasan Santa Maria.

Pada tahun 1975, Rm Fredericus Kiswana Pr menjadi vikaris dan digantikan Rm Ab. S Darmasuwarna MSF pada tahun 1976. Beliau juga hanya 1 tahun di paroki Kebondalem. 19 Januari 1978, Rm Haryono Pr wafat karena sakit jantung. Untuk itu ditunjukkan Rm Rochus Chang Peng Tu Pr menjadi pejabat Pastor Paroki. Rm Chang dibantu oleh Rm Josef Harsosusanto Pr, seorang rama rohani ABRI. Pada masa Rm Chang inilah terjadi perluasan gereja dengan membongkar ruang Sakristi yang ada di kanan-kiri Altar.

1 Januari 1979 diangkatlah Rm Gabriel Alimo Notobudya Pr dan Rm Agustinus Trihartono Pr menggantikan Rm Chang dan Rm Darma. Rm Trihartana hanya setahun di Kebondalem digantikan oleh Rm Raymundus Mardi Suwignyo Pr pada 30 Januari 1980.

Perkembangan Paroki Kebondalem menuntut perubahan fisik yang nyata. Semakin tuanya gereja dan semakin banyaknya kebutuhan ruang, paroki membentuk Panitia Pemugaran dan Pembangunan Pastoran Kebondalem pada tanggal 26 Oktober 1979 yang diketuai oleh Bapak Drs. A Gunawan Setiardja. Peletakan batu pertama dilaksanakan pada 1 Agustus 1980 oleh Gubernur Jawa Tengah, Suparjo Rustam. Sedangkan peresmian dilakukan pada 24 Oktober 1981 oleh Walikota Semarang, H Imam Soeparto Tjakrajoeda SH. Rencana pemugaran gereja tidak dapat berjalan karena minimnya dana. Yang dilakukan kemudian adalah mendirikan pendapa di bagian depan gereja untuk menampung umat yang tidak tertampung di dalam gereja.

Rm. J Siswata Pr berkarya di Kebon Dalem pada tahun 1979. Rm Siswata berkarya selama satu tahun. Sementara Rm Mardi berkarya selama dua tahun.   Terjadi pergantian rama vikaris pada tahun 1983 dengan masuknya Rm Petrus Pairin Subyakto Pr. Tahun 1984 digantikan oleh Rm Fransiskus de Sales Soeharto Widodo Pr. Pada Juli 1986, beliau digantikan oleh Rm Paulus Soesanto Prawirowardaya Pr.

Pada tahun 1986, Rm Soesanto digantikan oleh Rm Heribertus Natawardaya Pr sampai tahun 1990. Rm. Estaphanus Gerardus Willem Pau Pr masuk ke Kebondalem sebagai Pastor Kepala pada tahun 1990 menggantikan Rm. Notobudyo Pr. Dan digantikan oleh Rm. Stefanus Suhartana Pr pada tahun 1994. Beberapa pastor pembantu masuk ke Kebon Dalem. Rm Arcadius Benawa Pr pada tahun 1994-1995. Rm. Fransiskus Xaverius Suyamto Pr pada tahun 1995-1997. Rm Heribertus Natasusila Pr pada tahun 1997.

Pada tahun 1997, Pastor Paroki dipegang langsung oleh Rama Vikjend, Rm Johannes Murtoyo Harjaya Pr. Dan masuklah Rm Fransiskus Xaverius Krisno Handoyo Pr pada tahun yang sama. Pada tahun 2001-2002, Pastor Paroki dipegang oleh Rm Johannes Pujasumarta Pr. Rm Yohanes Yunuar Ismadi masuk pada tahun 2001 sebagai pastor pembantu.

Pada masa inilah terjadi renovasi atau pemugaran gedung gereja. Pada 3 Desember 2000, diadakan peresmian dan pemberkatan pemugaran gereja oleh Mgr I Suharyo, Uskup Keuskupan Agung Semarang.

Pada tahun 2002, Rm Fransiskus Xaverius Murdisusanto menggantikan Rm Krisno sebagai pastor Kepala. Sementara itu perubahan pastor pembantunya adalah sebagai berikut: Rm Yohanes Rasul Edy Purwanto Pr menggantikan Rm Yunuar; Rm Edy digantikan oleh Rm. Stefanus Heruyanto pada tahun 2005. Rm Aloysius Budyapranata Pr (2007-2008). Rm Yohanes Dwi Harsanto Pr (2005-2008). Rm Raymundus Sugihartanto Pr (2008-2013)

Pada tahun 2008 terjadi pergantian Pastor Kepala dari Rm Murdi kepada Rm Julius Sukardi Pr. Pada masa Rm Kardi ini panti imam gereja direnovasi agar lebih tinggi sehingga sudut pandang umat menjadi lebih nyaman.  Rm Kardi juga memulai proses pembangunan jembatan depan pastoran. Pembangunan ini sekaligus memindahkan jembatan kecil ke depan gereja. Pada 15 Juli 2012, Rm Kardi digantikan oleh Rm Aloysius Budi Purnomo Pr.

Renovasi panti imam dan ruang pieta gereja selesai dan diberkati pada 5 Oktober 2012 oleh Mgr Johannes Pujasumarta, Uskup Keuskupan Agung Semarang. Rm Budi juga membangun Kapel Adorasi Ekaristi Abadi di aula pastoran. Kapel Adorasi ini diberkati bersamaan dengan pemberkatan renovasi panti imam, ruang pieta dan jembatan baru.

Rm Sugi digantikan oleh Rm Aloysius Hantara Pr pada tahun 2013. Pada bulan Agustus 2015, Rm Hantara digantikan oleh Rm Estapanus Gerardus Willem Pau Pr. Rm Budi digantikan pada bulan November 2015 oleh Rm Marcellinus Tanto Pr.

Setelah berproses cukup lama, Rm Tanto berhasil membeli tanah dan bangunan eks SMP Kebondalem pada tahun 2020. Proses pelunasan selama 3 tahun dan akan jatuh tempo pada bulan September 2023. Pada Agustus 2022, Rm Tanto digantikan oleh Rm Yustinus Slamet Witokaryono Pr. Pada awal tahun 2024, Pelunasan tanah dan bangunan selesai. Dengan demikian, tanah dan bangunan telah menjadi asset paroki. Setelah itu, dibentuklah Panitia Penataan Kawasan Paroki Kebondalem. Langkah pertamanya adalah merumuskan mastenplan Gereja yang meliputi gereja, gedung pastoral, dan pastoran.